V třicetileté válce byl mlýn vypálen a více než 20 let stál neobydlen a pustý. Teprve v roce 1648 prodali páni radní města Kroměříže kotojedský mlýn mlynáři Janu Chalupníkovi, jeho manželce i dítkám za 900 zlatých počtu moravských. Závdavkem zaplatil Jan Chalupník ihned 12 zlatých a pak měl spláceti po vyjítí tříleté lhůty ročně vždy 15 zlatých. Kdyby však mlynář splátku někdy nezaplatil, měl přijíti o mlýn i o vše , co na něj vynaložil. Město si také vymínilo, že kdyby Chalupníkovi děti nebyly mlynářského řemesla, má býti mlýnkoupen zpět městem.
Chalupník nepracoval dlouho ve svém mlýně. Již 10. prosince 1650 uzavřela s ním městská rada novou smlouvu. Jelikož prý Chalupník nemůže mlýn udržeti, dala odhadnouti cizímu,nepředpojatým mistrem všechny výlohy, které Chalupník pro mlýn učinil, a vyplatila mu 140 zlatých a také závdavek 12 zlatých.
7. 4. 1802 - Komisionelní projednávání a výsledek sporu mezi mlynářem Josefem Hranáčem a obcí Kotojedy o vedení vody na kotojedský mlýn. (RR)
1830 Tomáš Hranáč