Velký zlom v historii mlýna nastal 13.10.1939. Neopatrností personálu mlýna, který sypal horký popel do dřevěné bedny ve stodole, došlo k požáru. Povolení k znovu zprovoznění mlýna bylo vydáno již 20. října 1939. Majitel Vilém Hájek si nechává vypracovat projekt od firmy Ing. Prokop a synové z Pardubic.
1939 schválená denní kapacita mlýna při střídavém mletí byla buď 20 q pšenice nebo 30 q žita. Šrotování či mačkání obilí pro krmné účely činilo 20 q za 24 hodin.
Chod mlýna a dodržení povolených změn přišel dne 25. července 1940 osobně zkontrolovat vrchní nadstrážmistr Josef Pišl, velitel místní četnické stanice. Byla to kontrola zcela formální, jednak proto, že jeho znalosti o mlýnech nebyly velké, ale hlavně proto, že se jednalo o slušného člověka a dobrého Čecha.
Horší situace byla s německým četnictvem, kteří do Strašic přijeli již 15. března 1939 v 11 hodin. Svoji stanici měli v hotelu Tlustý u kasáren. Byli to Hauptwachmeister Reimerss a Kunz, dále pak Bezirkswachmeister Wácha a Wachmeister Paschek. Němci Kunc, Paschek a Wácha byli bývalí příslušníci policejního sboru ČSR a jako takoví byli znalí českého jazyka. Z počátku byli nejen velice komisní, ale i vychytralí. Při prohlídkách nehledali ukryté obilí, neboť předpokládali, že je již semleté a odvezené. Hledali převážně to, co po mletí zbylo. Na to měl pan Hájek „jednoduchý“ recept. Všechno co zbylo z „černého“ mletí odvážel ukrýt na zámeček Tři trubky tamnímu správci.
I když to byl Němec, jmenoval se Walter Fock, byl to slušný člověk, který měl za manželku Moravanku, která mluvila česky.
22. října 1943 vydán příkaz k uzavření mlýna. Ještě nežli nabyl právní moci, podařilo se toho rozhodnutí na Svazu pro hospodaření s obilím zrušit. Obce Cheznovice a Olešná si stěžovaly na špatné vyřizování svých požadavků v přidělených mlýnech, a proto byly jejich mlecí kvóty předány do Hájkova mlýna. Situace v kapacitách byla tak napjatá, že musel požádat Obilní úřad o povolení semlít 100 q obilí u svého strýce Roberta Hájka v Nové Huti. Bylo nutno denně dodávat
chleba pro dělníky firmy W. Fischer, Tiefbauunternehmen, která zpracovávala polomy dřeva a pro jednotku Vládního vojska, tedy pro jeho asistenční rotu beze zbraní, která opravovala ve vojenském prostoru cesty.
Na podzim 1944 bylo ku mletí dodáváno obilí s vysokým procentem plevelů jako náhražky za obilí. Chléb upečený z takové žitné mouky byl stejně jako mouka černý a málo chutný. Zprvu informace mlynáře ohledně kvality dodávaného obilí úřad dva měsíce ignoroval. Teprve 16. ledna 1945 přišla do mlýna komise, která z 165 q obilí odebrala vzorky, ve kterých zjistila o více jak 10 % plevelů, nežli připouštěla norma. Mlynářovi tak dala za pravdu, když tvrdil, že na každých 45 q zásypu obilí ztrácí ve výsledku 140 kg mouky. Svaz však odmítal chybu v podmínkách nákupu a navrhoval slevu na nákupních cenách uplatňovat vůči dodavateli obilí.
Když dne 24. října 1948 požádal mlynář o změnu poměru mezi povolenou kvótou pšenice a žita,
přičemž celkové množství se nezměnilo, dostal již 14. ledna 1949 zamítavou odpověď. „Vzhledem k vyhlášce z 28.12. 1948, je vaše žádost bezpředmětná“.
